/usr/bin/makeが消滅していたので、XCode4.4入れた。でもまだmakeが無い。
Command Line Tools for OSXをインストールしたらmakeが使えるようになった。

それでも

gem install ffi
等がビルドできない。/usr/bin/gcc-4.2が無かった。

sudo ln -s /usr/bin/llvm-gcc-4.2 /usr/bin/gcc-4.2

sudo ln -s /usr/bin/llvm-g++-4.2 /usr/bin/g++-4.2
これでnative extensionなrubygemインストールできるようになった。
thin, ffi, phidgets-ffi, zmq, mongo, eventmachine, nfc, sys-filesystem等のgemをビルドして動作確認した。

参考：ruby on rails – Not able to install some gems after mountain lion upgrade – Stack Overflow